Foram vários os motivos, ao longo das últimas décadas, que levaram à diminuição (e quase desaparecimento) das populações de lince-ibérico no território. Desses motivos destacam-se a diminuição da sua principal presa, o coelho-bravo, e a perda/deterioração do habitat.
A diminuição do coelho-bravo, está relacionada com doenças virais, alterações no habitat, e ainda com algumas medidas de gestão cinegética inadequadas.
A perda/degradação do habitat do lince-ibérico está relacionada com a substituição dos matagais e bosques mediterrânicos por plantações intensivas ou ainda extensas pastagens.
Por outro lado, a construção de grandes infraestruturas como as barragens e estradas ou ainda a ocorrência de incêndios florestais, têm também contribuído para a deterioração e fragmentação do seu habitat. Atualmente, a mortalidade por atropelamento e por outras causas antropogénicas (por exemplo envenenamento e doenças transmitidas por animais domésticos) são dois dos principais fatores de ameaça às populações da espécie.