Fueron varios los motivos, al largo de las últimas décadas, que llevaron a la disminución (y casi extinción) de las poblaciones de lince ibérico en el territorio. De entre ellos se destacan la diminución de su principal presa, el conejo de monte, y la pérdida/degradación de su hábitat.
La diminución de conejo de monte se relaciona con enfermedades virales, alteraciones en el hábitat y también con algunas medidas de gestión cinegética inadecuadas.
La pérdida/degradación del hábitat del lince ibérico se relaciona con la sustitución de los matorrales y bosques mediterráneos por plantaciones intensivas o extensos pastos.
Por otro lado, la construcción de infraestructuras, como presas y estradas, o también la ocurrencia de incendios forestales, han contribuido a la deterioración y fragmentación de su hábitat.
En la actualidad, la mortalidad por atropellamiento y por otras causas antropogénicas (intoxicación y enfermedades transmitidas por animales domésticos, por ejemplo) es uno de los principales factores de amenaza a las poblaciones de esta especie.